Als das Böse seine dunklen Schatten weit über die Grenzen von Hyrule ins friedliche Nachbarland verbreitet, erwacht ein junger Hirtenjunge - namens Link - zum Helden. Die letzten Fäden der Hoffnung liegen in Links Händen, das Böse - von seinem geliebten Ross aus - zu besiegen und seine Heimat zu verteidigen. Ein episches Abenteurer, das den Helden in unglaublicher Weise zu verwandeln vermag...
Der Spieler beginnt seine abenteuerliche Reise in Links Heimatdorf, wo er erstmal ein paar kleinere Aufgaben lösen muss, die der Einführung dienen - auch Zelda-Fans entdecken hier interessante Veränderungen. Im Dorf lernt Link auch erstmals seine treue Partnerin Epona kennen: eine schöne, braunhaarige Stute, die fortan nicht mehr von Links Seite weichen wird. Nach einem kleinen Reitkurs lernt Link den Bürgermeister und dessen Tochter Ilia kennen. Doch der Bürgermeister schickt Link auch gleich nach Hyrule, wo sein Schicksal auf ihn wartet.
Nachdem er sich von seinem Dorf verabschieded begegnet der Spieler einer mysteriösen Gestalt namens Midna, die ihn in einen Wolf verwandelt. Als Wolf ist Link schnell und beweglich - ein klarer Vorteil im Kampf. Mit dem neuen Reit-Kampf-System gelingt es Link, auch mächtige Endgegner zu schlagen. Neben Schwert und Schild sind Pfeil und Bogen das Rückgrat, um gegen die unbarhmherzigen Gegnerhorden in die Schlacht zu ziehen. Hinzu kommt der neue "Gale Boomerang", der sich im Sekundärmodus in einen Tornado verwandeln und bis zu fünf Objekte angreifen, aufheben und durch den Raum tragen kann - auch wenn sie außer Reichweite liegen.