Freedom Wars schickt euch in eine dystopische Welt, in der die Menschheit in kleinen Untergrund-Stadtstaaten, den sogenannten Panopticons, eingepfercht wird. Weil Ressourcen aufgrund der zerstörten Oberfläche rar gesät sind, stehen die Panopticons ununterbrochen miteinander im Konflikt, während die Bewohner stetig vom Staat beobachtet werden. Für das Problem der Überbevölkerung wurde indes eine ganz andere lösung gefunden: Kriminelle müssen als "Freiwillige" in den Krieg gegen riesige mechanische Monster, den Abductors, ziehen, um ihre Freiheit zurückzugewinnen. Ihr selbst übernehmt die Rolle eines solchen Kriminellen.
Im Kampf stehen euch ebenso Accessories, Fallen, Schilde, Minen, Granaten oder Heil-Items zur Verfügung. Daneben erwartet euch ein großes Angebot an Waffen, die in sechs Kategorien unterteilt werden. So kommen nicht nur lange und kurze Schwerter zum Einsatz sondern auch Raketenwerfer, Laserpistolen und Scharfschützengewehre.